经过上述措施仍效果不佳应采取医疗措施，同时仍需注意生活方式的调整。
药物治疗一些男性不育症及一些女性早期流产或胎停育，药物治疗是无效的，如染色体数目异常、移位、Y染色体微缺失等，因此药物治疗前要到正规生殖中心就诊，找到病因，对因治疗，如性腺功能障碍，可应用绒毛膜促性腺激素（HCG）、尿促素（HMG）、卵泡刺激素（FSH）等提高精液质量。对于不明原因的不育，可使用被证实有效的药物，或依靠医生的经验治疗来提高精液质量。
手术治疗精索静脉曲张可造成不育，手术治疗后大部分患者可改善精液质量；对射精管、精囊腺囊肿造成的梗阻或附睾输精管梗阻，可行精囊镜或显微外科手术治疗，复通率可达70%左右。
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