男性不育因其不是一种独立疾病，发病原因也就复杂多样，所以男性不育的诊断过程也是非常复杂的，对于不育症患者，它同时也是最为重要的环节。
1、观察外生殖器：在男性不育的诊断时，首先要观察阴茎的大小、睾丸质地软硬度及大小、尿道有无下裂，在触摸附睾时有无疼痛和囊肿。必要时可以做肛诊，来确定前列腺的质地和大小。
2、体格检查：一般男性不育患者的体格检查包括体重、身高、乳、阴毛、腋毛、喉结等生长情况的检查。
3、精液的生化检查：这项检查可以反映精囊、附睾、前列腺的功能。检查精子质量的方法还有精子爬高试验、检查精液和血液中是否存在抗精子抗体，需要做精子凝集试验。
4、精液质量检查：许多引起不育的病因都会从精液检查结果体现出来，应重复检查，如果检查结果显示精子数量异常等，说明精液的质量不正常。
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